千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…人生就像一场马拉松，不在乎起点，只在乎过程和终点。　　立志成为出色的奇巧宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的奇巧宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯洁心灵的伙...