真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练奇巧宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的奇巧宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选奇巧宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的奇巧宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把奇巧宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，奇巧宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是明亮还是昏暗，小智能否如愿成为奇巧宝贝大师呢？